Ledet av Jedi Mester Yoda, blir Klonetroppene strategisk utplassert under slaget ved Geonosis for å redde de overveldete Jedi og bekjempe separatiste styrker. Klonetrooper Piloter, kjennetegnet av gule merker og spesialiserte hjelmer, fører Republikkens gunships i et storskalangrep på de ødeleggende droidarméene.